What were Bob and his friends doing at that time?
ボブと彼の友人たちはその時何をしていましたか。
「What + be動詞の過去形 + 主語 + ～ing」の形で「（主語）は何を～していましたか」という疑問文になります。
・were は are の過去形です。
・このように過去のある時点で行っていた動作を表す形を「過去進行形」といいます。
同類の表現
What were you and Jim talking about?
あなたとジムは何を話していたのですか。
What were you doing there?
あなたはそこで何をしていたのですか。
Anyway, what was I saying?
ところで、私は何を言っていたんだっけ？
What was she reading in the library?
彼女は図書館で何を読んでいたの？
What was your father making this morning?
あなたのお父さんは今朝、何を作っていたのですか。