What made it difficult for you to come here?
どうしてあなたがここへ来るのは難しいのですか。
「make it + 形容詞または名詞 + to + 動詞の原形」で「（動詞）することを（形容詞または名詞）にする」という意味になります。
・この場合の it は形式目的語で、to 以下の内容が make の目的語を表します。
同類の表現
I make it a rule to arrive ten minutes ahead of the appointed time.
私は約束の時間の10分前には着いているようにしている。
The company has launched a service that will make it possible to offer items for Internet auction via camera phone.
同社はカメラ付き携帯電話でインターネットオークションに出品できるサービスを開始した。
Make it a habit to do this exercise 5 or 6 times a day.
１日に5,6回、この運動をするのを習慣にしてください。
Prepaid cell phones tend to make it harder to trace the users.
プリペイド携帯は利用者の身元を特定しにくい。
We make it a practice to get up at 6:00.
午前６時に起きるのが私たちの習慣です。
I make it a rule to write to my mother on Sundays.
日曜日には母に手紙を書くことにしている。